Muzeum bylo založeno v r.1882, od r.1927 sídlí v budově bývalého jezuitského semináře. Jsou zde představovány významné archeologické nálezy, velmi vzácná kolekce gotických plastik, doklady cechovní a řemeslné výroby, sbírka obrazů a nábytku. Poutavá je expozice terčových zbraní a ostrostřeleckých ručně malovaných terčů. Síň Emy Destinové připomíná světoznámou a nejvýznamnější českou operní pěvkyni. Tradici písemnictví a knihtisku na Jindřichohradecku představuje expozice knižní kultury. Unikátní je i dochovaný interiér bývalé lékárny U Panny Marie Pomocné z konce 18.století. Na přední místo se staví největší lidový mechanický betlém na světě - Krýzovy jesličky. V části muzea, v kapli sv.Víta z r.1642, pořádá muzeum výstavy a koncerty.