Kostel je připomínán již ve 13.století. V r.1615 vyhořel, obnoven byl raně barokně v letech 1628-1632. V r.1778 byl odsvěcen a spolu s kolejí začal v r. 1779 sloužit armádě. Přilehlá jezuitská kolej je pozdně renesanční stavba z let 1595-1605. V r.1779 byla upravena na kasárna a po dobu 200 let veřejnosti nepřístupna, vč.kostela (kvůli malému prostoru často nazýván kaplí). V roce 1995 přešly předmětné objekty na město J.Hradec a od roku 1997 započaly práce na obnově nejdříve kaple sv.Maří Magdaleny, která od roku 1998 slouží jako kulturně společenský prostor. Po letech hledání možného využití prostoru jezuitské koleje vznikla v polovině roku 2002 obecně prospěšná společnost pro založení Národní muzea fotografie. V průběhu dalších let byly realizovány v těsné součinnosti s orgány státní památkové péče takové stavební práce, které mají vytvořit zázemí pro činnost a provoz Národního muzea fotografie v Jindřichově Hradci. Na konci roku 2003 byly při opravách třech místností v přízemí severního a západního křídla jezuitské koleje objeveny rozsáhlé nástěnné a nástropní malby pravděpodobně z 1.poloviny 17.století.